Nektar ist meist klar und farblos. Enthält der Nektar in Spuren Farbstoffe, so werden sie erst sichtbar, wenn dem Honig Wasser entzogen wird. Dabei konzentrieren sich die Farbstoffe auf. Typisches Beispiel ist der Nektar der Kornblume. Ihr Nektar ist zartgelb und wird im Honig zu leuchtend, fluoreszierend gelb.

Die Kristallisation beeinflusst die Farbe des Honigs. Die veränderte Lichtbrechung durch die Kristalle führt zu einer Aufhellung der Farbe. Der Nektar des Rapses ist farblos. Der Rapshonig erhält sein typisches Weiß erst durch das Entstehen der Kristalle und die Reflexion des Lichts.

Ein wesentlicher Teil der Farbenvielfalt kann vom Pollen, den die Bienen mit einem farblosen Nektar eintragen, stammen. Pollen sind überzogen von einer klebrigen Schicht aus Ölen und Fetten, dem Pollenkitt. Häufig sind darin intensive Pflanzenfarbstoffe (Flavonoide) enthalten. Farbiger Pollen kann dem Honig direkt seine Farbe geben. Entfernt man den Pollen, verliert der Honig seine Färbung. Ein typisches Beispiel ist der Sonnenblumenhonig, dessen Färbung hauptsächlich von den gelb-orangen Farbstoffen der Pollenkörner stammt.

Pollen kann den Honig auch indirekt färben. Der Pollen wird in Wabenzellen als Eiweißvorrat eingelagert. Die Wand der Zelle nimmt Farbe vom Pollen an. Wird beim nächsten Mal Honig in der Zelle gelagert, so geht ein Teil der Farbe in den Honig über. Dieser Effekt ist nicht erwünscht, da diese Färbung nicht der aktuellen Tracht entspricht. Generell sind dunkle Waben ein Zeichen für ungenügende Wabenhygiene. Sie sollten auf eine gute Wabenhygiene achten und keine alten, also dunklen Waben verwenden.