Bei der Honigernte muss darauf geachtet werden, dass nur reine Honigwaben entnommen werden. Brut darf auf den Waben, die später geschleudert werden, nicht vorhanden sein. Brut würde den Honig verunreinigen und die Entnahme von Brut schädigt das Volk in seiner Entwicklung.

Die Trennung von Honig- und Brutwaben ist bei der heute verbreiteten Magazinbeute einfach, Magazinimkerei. Es werden mindestens zwei Zargen übereinander gesetzt. Die untere Zarge ist für die Brut, der Brutraum, und die obere Zarge dient ausschließlich dem Einlagern von Honig, der Honigraum. Zwischen beide Räume kann ein Absperrgitter gelegt werden. Die Maschen dieses Gitters sind so eng, dass die Königin nicht hindurch kann. In die Waben der oberen Zarge, Honigraum, kann sie somit kein Ei ablegen. Diese Waben werden Honigwaben genannt.

Bei der Entnahme der Honigwaben muss auf Sauberkeit geachtet werden. Nach Möglichkeit sollte kein Smoker oder Pfeife verwendet werden, da der Honig sehr schnell den Geschmack des Rauchs aufnimmt.

Generell ist bei allen Arbeiten die Hygiene zu beachten, denn es handelt sich beim Honig um ein Nahrungsmittel.