Der Befall mit der Varroamilbe gleicht einem Eisberg: Nur ein ganz kleiner Teil des Milbenbefalls ist bei oberflächiger Betrachtung erkennbar. Während der Brutzeit halten sich die meisten Milben in den verdeckelten Brutzellen auf und sind nicht sichtbar.

Außerhalb der Brutperiode ist es nicht anders, da die Varroamilbe optimal an die Honigbiene angepasst ist und sich hervorragend versteckt und tarnt. Die Milben setzen sich an den Bienen bevorzugt zwischen den Bauchplatten fest. Dabei verschwindet die Milbe zu 2/3 unter einer Platte. Die Milbe ist beim Blick auf die Biene nicht zu erkennen.

Eine einfache Durchsicht der Bienen bei der Kontrolle der Waben ist nicht ausreichend. Sind bei einem solchen Blick von Oben auf die Bienen bereits Milben zu erkennen, so hat der Befall eine kritische Größe erreicht.

Es gibt drei Methoden, die Befallsstärke zuverlässig zu ermitteln. Bei der Gemüll-Untersuchung wird die Anzahl der Varroamilben auf der Gemüll- oder Diagnosewindel ausgewertet. Eine Brutuntersuchung wird bevorzugt an Drohnenbrut vorgenommen. Dazu werden Brutzellen aufgebrochen und jede Brutzelle nach Varroamilben und Nymphenstadien abgesucht. Bienenproben ermöglichen eine quantitative Ermittlung der Befallsstärke außerhalb der Brutzeit.