Das Farbspektrum der Honige umfasst helle bis weiße Töne bis hin zu fast Schwarz sowie in allen Schattierungen braun und beige. Der Farbeindruck variiert, ob der Honig durchscheinend oder opak ist. Die Farbe des jeweiligen Honigs ist abhängig von der eingetragenen Tracht. Generell gilt, dass Honigtau dunklere Honige ergibt als Nektar. Blütenhonige können rein weiß sein. Während Buchweizen- und Tannenhonige ein dunkles Braun besitzen.

Ein wesentlicher Teil der Farbe stammt vom Pollen, den die Bienen mit eintragen. Pollen sind überzogen von einer klebrigen Schicht aus Ölen und Fetten, dem Pollenbalsam. Häufig sind darin intensive Pflanzenfarbstoffe (Flavonoide) enthalten.

Die Lichtdurchlässigkeit bzw. Trübung (Opazität) ist abhängig davon, ob der Honig auskristallisiert ist. Bei den auskristallisierten Blütenhonigen tritt der Effekt, dass die Zuckerkristalle das Licht reflektieren und nicht absorbieren, auf. Aufgrund der Reflektion wirken die Honige sehr hell bis weiß.