Das Farbspektrum der Honige reicht von rein weißen Blütenhonigen bis zum den fast schwarzen Buchweizen- und Tannenhonigen. Die Farbe des jeweiligen Honigs ist abhängig von der eingetragenen Tracht. Generell gilt, dass Honigtau dunklere Honige ergibt als Nektar.

Ein wesentlicher Teil der Farbe stammt vom Pollen, den die Bienen mit eintragen. Pollen sind überzogen von einer klebrigen Schicht aus Ölen und Fetten, dem Pollenbalsam. Häufig sind darin intensive Pflanzenfarbstoffe (Flavonoide) enthalten.

Hinzu kommt bei den auskristallisierten Blütenhonigen der Effekt, dass die Zuckerkristalle das Licht reflektieren und nicht absorbieren. Aufgrund der Reflektion wirken die Honige sehr hell bis weiß.